در سال 1988 نيروهاي اشغالگر صهيونيست با يورش به منزل ايشان او را مورد بازجويي قرار داده و تهديد به تبعيد به لبنان مي كنند .

    نيروهاي اشغالگر به منظور پايان دادن به مقاومت مسلحانه اي كه ( از طرف نيروهاي حماس) به شكل حمله با سلاح سرد عليه سربازان و مزدوران اشغالگر در آمده بود ، اقدام به بازداشت شيخ و صدها نفر از هواداران جنبش حماس مي كنند .

    در تاريخ 16/ 10 /1991 دادگاه نظامي ـ صهيونيستي با كيفر خواستي در 9 بند ، شيخ را به اتهام تشويق براي ربودن و قتل سربازان صهيونيستي ، تأسيس “حماس” و تشكيل دستگاههاي امنيتي و نظامي متهم كرده و او را به حبس ابد به علاوه 15 سال زندان محكوم مي كند .

    شيخ احمد علاوه بر فلجي كامل ، از امراض و بيماريهاي ديگري از جمله فقدان بينايي چشم راست ـ بر اثر ضرب و شتم در جريان بازجويي ـ ضعف بينايي چشم چپ ، التهاب مزمن و شديد دو گوش ، حساسيت ريه ها و ديگر امراض و التهابات داخلي رنج مي برد . شرايط سخت زندان و نبود امكانات پزشكي بر وخامت سلامتي ايشان افزود به طوري كه بارها به بيمارستان منتقل شد .

    در تاريخ 13/ 12/ 1992 تيمهاي عملياتي گردانهاي القسام اقدام به ربودن يك سرباز صهيونيستي كرده و پيشنهاد مي كنند كه آماده اند اين سرباز را در مقابل آزادي شيخ و تمامي بازداشت شدگان در زندانهاي صهيونيستي (از جمله افراد مريض و مسن و عربهاي ربوده شده) آزاد مي كنند . اما صهيونيستها با اين پيشنهاد مخالفت كرده و به خانه اي در روستاي بيرنبا در نزديكي قدس كه سرباز صهيونيستي در آن بازداشت بوده يورش مي برند . اين درگيري به كشته شدن سرباز صهيونيستي و شهادت رهبر گروه عملياتي مي انجامد .

    در صبح روز چهارشنبه 1/ 10/ 1997 شيخ به موجب توافق ميان اردن و اسراييل در مقابل تسليم كردن دو مزدور صهيونيستي بازداشت شده در اردن آزاد مي شود . لازم به ياد آوري است كه اين دو سرباز در يك تلاش نافرجام براي ترور در اردن دستگير شده بودند